Ό όσιος Γέροντας, η παρηγοριά και το στήριγμα των πονεμένων, σήκωσε και ο ίδιος το σταυρό της ασθενείας αρκετές φορές στη ζωή του. Όμως ακόμα και όταν ασθενούσε, δεν ελάττωνε την άσκηση και την αυστηρότητα που εφήρμοζε στον εαυτό του. Ως ασθενής ήταν πάντα ευχάριστος, ευγνώμων προς το Θεό και τους ανθρώπους. Είχε τη δύναμη να προσεύχεται αδιάλειπτα, να υπομένει την ταλαιπωρία της αρρώστιας με δοξολογία, να υπερβαίνει τον εαυτό του και να σκέπτεται τους άλλους.
Τον Φεβρουάριο του 1973 ασθένησε από έρπητα ζωστήρα του τριδύμου. Η νόσος εκδηλώθηκε με καυστικούς πόνους στο μέτωπο, στο αυτί και στο μάτι, οι οποίοι ολοένα δυνάμωναν. Εκείνη την εποχή δεν υπήρχαν τα σημερινά φάρμακα για τη θεραπεία του έρπητος. Επιπλέον λόγω υπερκόπωσης, όπως ανέφερε ο καθηγητής Μερίκας, η αντίσταση του οργανισμού του είχε πέσει, και περνούσε τη νόσο βαριά. Τις οδυνηρές στιγμές των παροξυσμικών πόνων έσφιγγε με το αριστερό του χέρι τα σίδερα του κρεβατιού, και με το άλλο έκανε συνέχεια το σταυρό του, επαναλαμβάνοντας το «δόξα Σοι ο Θεός».
«Νόμιζα ότι ξεριζωνόταν το μάτι μου και εκσφενδονιζόταν στο ταβάνι· τόσο δυνατοί ήταν οι πόνοι του έρπητος» έλεγε αργότερα. Του έδιναν ισχυρά παυσίπονα, αλλά εκείνος δεν τα έπαιρνε. «Αφού ο Θεός δίνει τον πόνο, πρέπει να τον υποφέρω. Είναι ευεργετικός ο πόνος». Ήταν ανηλεής στον εαυτό του. «Να πονέσει το παλιόσωμα» έλεγε.
Περισσότερο όμως οδύνη δοκίμαζε η πρακτική του καρδιά για ένα πνευματικό του τέκνο, που είχε παρασυρθεί στην κοσμική ζωή. Κάποια στιγμή, ενώ φαινόταν ότι ησύχαζε μονολόγησε:
– Τον καημένο τον Απόστολο Παύλο!
– Τι θέλετε να πείτε, γέροντα; τον ρώτησαν.
– Τον εγκατέλειψε ο Δημάς «αγαπήσας τον νυν αιώνα».
Παρ’ όλο που είχε εξασθενήσει από τους δριμύτατους πόνους, κρατούσε διαρκώς το κομποσχοίνι του και κάθε φορά που γινόταν Λειτουργία, ζητούσε να κοινωνήσει. Επί μία βδομάδα υπέφερε από υψηλό πυρετό, τα βλέφαρα του είχαν κλείσει από τα οιδήματα και το πρόσωπο είχε παραμορφωθεί.
Στη μνήμη της Αγίας Φιλοθέης, ύστερα από τις θερμές και μετά δακρύων ικεσίες πολλών πνευματικών του τέκνων κατά την Αγρυπνία στη Μητρόπολη Αθηνών, ο υψηλός πυρετός έπεσε, οι έντονοι πόνοι σταμάτησαν, και ο Γέροντας κοιμήθηκε για πρώτη φορά μετά από μια εβδομάδα. Η Αγία Φιλοθέη είχε κάνει το θαύμα της. Γι’ αυτό, την τιμούσε ιδιαίτερα και κάθε χρόνο τελούσε Αγρυπνία στη μνήμη της.
Μέχρι το τέλος της ζωής του είχε κατάλοιπα από τη νόσο. Αισθανόταν συνεχώς καυστικό πόνο στο μέτωπο, σαν να του είχαν μόλις δώσει ένα δυνατό κτύπημα. Ήταν τα λεγόμενα στην ιατρική «μεθερπητικά άλγη». Όμως δεν παραπονιόταν. Στεκόταν στην πνευματική ωφέλεια και ευγνωμονούσε το Θεό. Έλεγε αργότερα: «Θυμάμαι τις καλές ημέρες του έρπητος. Ναι μεν πονούσα, αλλά είδα τον άνθρωπο. Είδα και εγνώρισα τον άνθρωπο με τα ελαττώματά του…Εγνώρισα τον άνθρωπο, ο οποίος δεν αφήνει καλή πράξη χωρίς να ξεμυτίσει με τον εγωισμό του. Έλεγα τότε: Κύριε, να με αξιώσεις να απαλλαγώ από τον άνθρωπο…»
Πολλά χρόνια αργότερα έγραφε:
«…Η δοκιμασία αυτή ήταν μία εκδήλωσις και προσφορά της αμέτρητης αγάπης του Γλυκυτάτου μας Ιησού για ζωή καλύτερη και αγιώτερη. Ο εύσπλαχνος και Πανάγαθος, ο οικτίρμων και ελεήμων Θεός μου παράτεινε την ζωήν, για να προσφέρω τον εαυτό μου αγνότερον και πνευματικώτερον εις την διακονίαν της Εκκλησίας Του…».
Ιερομόναχος Ευσέβιος Γιαννακάκης, Επίγειος Άγγελος και Ουράνιος Άνθρωπος (1910-1995), Ιερά Μονή Αγίου Ιωάννου Θεολόγου, Αίγιο